А это мог быть спонсированный саботаж от издателей аниме.
Или просто криворучие.
Я так понимаю артефакты возникают из-за того, что декодеру приходят обрезанные (искаженные) данные в случае нехватки производительности. Не на том уровне резка происходит, как будто сырой поток грубо пропускается, вместо того, чтобы выкинуть уже готовые кадры.
Причем, это особенность их H.264 декодера. Скажем, VP8 настроен так, что мусор он просто скипает (фризит последний нормальный кадр) до следующего GOP. Используйте VP8.Почему именно с внешней звуковой дорожкой? Это нетривиальная процедура, особенно, если у звука переменный битрейт. Также может быть рассинхрон. Не рекомендую подгружать внешние дорожки, особенно VBR.
Еще артефакты H.264 в VLC можно словить, если смотреть MKV(H.264) с DVD-R болванки. Нажимаем паузу. Через несколько секунд привод останавливает диск из-за неактивности. Потом мы нажимаем "продолжить" и пока привод раскручивает диск (и после того, как кончится буфер) мы наблюдаем артефакты. Но только в H.264. В VP8 такого нет.
Сырую обрезку данных я еще встречал в Avidemux. AVI(H.264+MP3). Вместо того, чтобы резать PCM после MP3 декода, такое впечатление, что часть данных режется грубо в mp3 потоке до декода. И декодеру приходят поврежденные данные. И только от него зависит как он их обработает. В mp3 может быть слышен свист. H.264 артефачит. А кто-то более продвинутый фризит нормальный кадр или генерирует тишину.
Это мое имхо. Я в общем-то далеко не спец и не программист.