Оно выводится, чтобы быть доступным извне. Если это возможно без ухудшения доступности, почему бы и нет? Ничего же не выкидывается.

4 Мб на файл - это вообще не относится к проблемам дистрибутива.. А крупные обновления в SL вы как ставите? А переход на новую ветку? Если вы держите одну rsync'нутую копию репозитория на весь институт - ничего необычного в этом нет, это нормальная практика. Просто добавьте мирроринг epel, atrpms и что вам требуется туде же.

Насчет математика.. разве математик-химик-биолог будет два часа лазить по списку программ в инсталляторе, выбирая нужные ему?

Мне кажется, скорее поставит по умолчанию и потом доставит то, что нужно. А это делается сейчас ровно так же, как и сейчас. Обратите внимание, в сам SL входят пакеты, подключающие epel, atrpms, elrepo и тд. Вам не нужно куда-то лезть, искать, ставить.. Они выносят пакеты в эти дистрибутивы потому, что подключить и воспользоваться ими можно в рамках самого SL, готовые .repo идут в комплекте. Включаете их и используете.

Наконец, "Для меня, например, важно наличие пакетов символьной и численной математики ...". Вообще-то SL поддерживает замечательный инструмент revisor, который сделан для решения вашей задачи - причем очень удобен. Он создаст дистрибутив для вас или для вашей целевой аудитории - в котором вы можете выкинуть лишнее, включить нужное (в том числе из других репозиториев) и сделать на основе этого свой диск или даже live-cd (тут нужны еще другие инструменты, но все в комплекте). Разработчики SL вполне поддерживают эти механизмы и рекомендуют всем, кому требуется свой дистрибутив на базе SL им пользоваться и создавать свой срез. Руководство есть, например, тут http://www.scientificlinux.org/distributions/6x/build/sites - ну и погуглите на тему revisor.

Наконец, есть готовый http://www.naulinux.ru/ . Может, вам больше подойдет?

А насчет сквида, админских програм - а почему выкидывать, разве плохо на серверы этого же самого университета ставить тот же самый SL? Удобнее управлять, единообразие, совместимость, опять же экономия трафика, о которой вы печетесь :) И сквид пригодится, и разграничения доступа. В общем, мыслите шире! А SL сейчас все позволяет :) И нам, и вам, как говорится. Ну а то, что под вашу специфическую задачу нужно немного руки приложить - что в этом странного. Да и под такую задачу, как дистрибутив для университета, наверное, не жалко. Тем более, что работу проделать нужно один раз, а дальше только изредка корректировать для новых версий раз в несколько лет.