> Во, уже чуть-чуть логика пошла
> А если я делаю инкрементальный бэкап, тоесть надо прочитать текущие состояние, оценить
> его, а потом записать изменение. Duplicity им занимается.

Как раз для этого и предназначены svn/git, преимущество в удобном читаемом формате и откате, при желании, а также, в случае с git меньшим расходом при заливке и хранении.

> И я имею роутер, к которому подключен HDD диск и на котором
> из коробки стоит SMB сервер.

Никогда не встречал роутеров у которых из коробки бы была самба и не было бы sftp.

> Какие плюсы я получу от перехода на sftp при такой задачи?

Более высокую надёжность, защищённость, не зависимость от настроенных зондов некоторых роутеров и более простую настройку. Чёрт знает что там в этой самбе по-дефолту из коробки настроено и какой там бэкдор сидит.

И в случае, если вы используете Линукс, а не офтопик, то более комфортное и изящное управление бэкапами через sshfs, хотя повторяюсь, для подобного git подходит лучше.