> Есть два варианта не разобраться

Какая, собственно, работодателю-то разница?
Есть не в меру увлеченный скриптописательством одмин, есть системы, которые он опутал паутиной своих скриптов. По злому умыслу он это делал, или по незнанию - принципиальной разницы не имеет. Важен итог - эта система становится совершенно непостижимой для сторонних специалистов. А одмин, осознав свою важность, становится слишком наглым, как по требованиям к ЗП, так и к остальным вещам.
И системы такие частенько тормозят внедрение новых фич, потому что одмину лень переписывать свои скрипты, или вносить изменения, которые не нравятся лично ему. Таким образом, он становится вместо винтика (которым он и должен быть) хорошим таким тормозом бизнес-процессов.
Я лично такое наблюдал и не единожды.

> Администратор не способен разобраться в шелл коде и выполнять ТЗ. И может быть уволен по статье о должностном несоответствии.

Каким образом работодатель это будет выяснять?
Работодатель - он, как бы, не разбирается в подобных тонкостях.

> Это уровень user. И не тянет не то что на админа, но не тянет даже на advanced user.

Этого достаточно для работы, это экономит массу времени и ресурсов, это обеспечивает легкую заменяемость сотрудников и, как следствие, их бОльшую лояльность. Полный набор всех необходимых для вменяемого работодателя качеств. Я понимаю, что привыкших к индивидуализму линуксовых админов локалхоста подобная ситуация ой как не устраивает. Но кто ж их спрашивает-то. :-)