Стыдно это признавать, но нагнал я FUD-у напрасно. Как выяснилось при более детальном рассмотрении, все эти программы, к файлам которых обращается Хром, так или иначе добавляют некоторые интеграции в систему - например пункты контекстного меню, могут с этим быть связаны эти чтения. А упомянутые "созданные пользователем каталоги" на самом деле содержат в себе, в частности, скачанные в свое время Хромом же файлы, наверное он читает их чтобы отобразить эскизы на странице загрузок. Единственное, что нашло подтверждение это поведение software reporter tool-a и чтение google updater-ом файла (одного) из профиля Firefox, но они, как ниже сказали, linux-юзерам не грозят. Приношу свои искренние ламерские извинения перед аудиторией opennet-а, а также перед Google Inc.