Если декодировщик без багов - то в общем случае не должно, декодировка стандартизирована. Но различия в битовом потоке будут в любом случае - результаты округлений и подобного, так что хрен проверишь, есть баги или нет. Впрочем, насколько я знаю, все распространённые бибилиотеку уже давным-давно вылизаны.

Обычно проблемы в кривых DSP (ОСОБЕННО эквалайзер) и ресемплинге, который может быть не только в плеере, но и дальше - в пульсе или альсе. Если ресемплинг есть - надо точно понимать, где он происходит, и не допускать многократный. В самом deadbeef ресемплер сделан на основе вполне приличного Secret Rabbit, а вот в альсе по умолчанию стоит что-то быстрое и не особо качественное, лечится строчкой 'converter "samplerate_best"', если надо (где конкретно - читать howto, зависит от вашего конфига и вообще - альса - тот ещё подарок в плане настройки). Деталей насчёт пульсы не знаю, так как не пользуюсь.

Когда-то ещё были приколы с альсвоским микшером, тут если кто знает - пусть расскажет.