1. "Они часто отвратительно интегрируются с базовой системой"
Ну, не отвратительно, неправда. "Не идеально". Действительно, сейчас есть проблема со стилизацией, подхватом нестандартных Gnome тем (шрифтов?), и тем иконок (Gnome Tweaks) и т.п. Видимо, не учли этот момент (что подтверждает что разработчики делают много ошибок и в целом доверять им - немного наивно). Они сделали слишком сильную контейнерную изоляцию, не учли что визуальный стиль должен подхватываться с базовой системы.

Но это абсолютный must-have и этот вопрос сейчас активно обсуждается. Это обязательно поправят.
2. "А ещё они пожирают много диска"
Это зависит от уровня контейнерной изоляции и того, что шарится между контейнерами, а что нет.
Но в целом это вообще не проблема, ни для flatpak, ни для snap. Жесткий диск - самый сейчас доступный ресурс, а через пару лет даже для SSD.

Подсчитаем: 50-300 Mb на одно приложение
snap-пакеты занимают 3Gb в /var/lib/snapd, и 6Gb примонтированные в /snap (или это ссылка на snap и реально он места не отнимает??). Итого 9Gb.
flatpak занимает 3Gb в /var/lib/flatpak (больше нигде не вижу)
Через snap установлено 7 пакетов (и старые версии snap пакетов не удалены), через flatpak 19.
Даже если всё будет установлено в контейнерах и этих приложений будет 30-50-100, ну будет это занимать 50Gb-100Gb максимум.

В мире, где есть Electron-приложения на Javascript (и немало), которые тянут целый Chrome! только для одного приложения (и для каждого приложения свой Chrome!) и весят сотни мегабайт и жесткого диска и в оперативной памяти.

В мире, где какая-нибудь современная игра сжирает 20-30Gb места, после установки - это копейки.
Зато преимущества значительно перевешивают.

Electron-приложения тем более надо запихнуть в snap/flatpak, они итак тянут весь свой runtime. И приложениями вы этими будете пользоваться, альтернативы не будет. И Slack, и Skype и т.п.

>[оверквотинг удален]
> editor) и т.п. И их должно быть много, и они должны
> быть платными. Потому что хочется качественных приложений. Всё что вы имеете
> сейчас, не потому что "open source", а потому что компании оплатили
> разработчиков для своих целей. Но вот на приложения под пользователей им
> наплевать. И пока Linux не станет привлекательным для разработчиков платных приложений,
> будущего как замены Windows/MacOS у него нет.
> Итого, это просто огромный, невероятный прорыв в Linux-дистростроении для конечных пользователей.
>  Это очень и очень круто и система будет значительно надежнее.
> Просто killer-фича, ничего подобного вроде у Windows и MacOS нет (соседка
> убила Windows, выдернув шнур питания, когда поругалась с мамой).