Писал уже в ветке, напишу ещё раз.
Проблема только по VGA, остальные цифровые выходы поддерживают aspect.

#!/bin/sh
vga=`xrandr | grep -Pm1 " connected (primary )?\d+" | sed -e "s/\(\w\+\) .*/\1/"`
if xrandr --output $vga --set "scaling mode" "Full aspect" 2>/dev/null;then
    wine "$0".exe ; xrandr --output $vga --auto --panning 0x0 --scale 1x1
else
    res=640x480 && off=107
    #res=800x600 && off=133
    #res=1024x768 && off=171
    #res=1152x864 && off=192
    #res=1280x960 && off=213
    #res=1440x1080 && off=240
    xrandr --output $vga --mode $res --panning $res --transform 1.33333333,0,-$off,0,1,0,0,0,1 && wine "$0".exe ; xrandr --output $vga --auto --panning 0x0 --scale 1x1
fi

Кладёте скрипт в директорию с исполняемым файлом, выбираете раскомментированием res нужное разрешение, называете скрипт точно также, как и exe-ник только без ".exe", даёте разрешение на запуск скрипту и вауаля.

Примечания:
1 Параметр смещения off подогнан под FullHD монитор.
2 Для добавления нужных расширений нужно прописать /etc/X11/xorg.conf.d/50-monitor.conf

Section "Monitor"
    Identifier "VGA1"
    Modeline "1280x960"  101.25  1280 1360 1488 1696  960 963 967 996 -hsync +vsync
    Modeline "1280x960"  130.00  1280 1368 1504 1728  960 963 967 1005 -hsync +vsync
    Modeline "1440x1080"  129.00  1440 1528 1680 1920  1080 1083 1087 1120 -hsync +vsync
    Modeline "1920x1080"  173.00  1920 2048 2248 2576  1080 1083 1088 1120 -hsync +vsync
    Option "PreferredMode" "1920x1080"
EndSection

Где VGA1 имя вашего выхода. Если их несколько, то всю секцию  Section "Monitor"/EndSection добавить для каждого выхода.
Параметры Modeline подогнаны под FullHD монитор.

3 Среди прочего скрипт возвращает дефолтное разрешение монитора не только при закрытии игры, но и при её вылете!