Основных минусов в сравнении с той же варью, на мой взгляд, два: 1) крайне кривая и неудобная реализация сети, заставляющая заниматься нетрадиционным секасом в консоли и править текстовые конфиги даже для того, чтобы банально рассадить виртуалки по разным вланам; 2) крайне куцая статистика, низкая детальность, очень сложно вести отчетность по нагрузке и что-то планировать.
Сюда же можно добавить несколько менее существенные моменты, вроде достаточно низких возможностей по автоматизации, как встроенными средствами, так и с помощью скриптов. Плюс, не очень удобно управлять ресурсами, ограничивать их, настраивать приоритезацию, и т.п.
Опять же, присущи некие общие проблемы линукса, типа того, что что-то может отвалиться при обновлении, или конфиг не подхватиться (что довольно вероятно с учетом количества конфигов, которые надо писать вручную).

В принципе, для небольших инсталляций, где редко что-то меняется и нет каких-то специфичных требований - система вполне годная. Работает. Жрать не просит. Из всех опенсорцных аналогов, пожалуй, самая простая в развертывании и настройке.