> Но бинпакеты - это вообще не панацея.

это не панацея, это возможность.
>Однажды мигрировал генту с одной машины на другую.
>Упаковал весь установленный софт в бинпакеты. Пробовал поставить
> систему через бинпакеты, чтобы по-красивому.
>Несколько экранов блокировок и неудовлетворённых зависимостей.
>Пришлось вместо бинпакетов старый добрый тарболл использовать.

В теории можно было без проблем сделать задуманное, но на практике вы просто чего-то не учли, это нормально, в бинарных дистрибутивах не один человек вылизывает стабильность текущего среза пакетов во всей системе.
При совпадении железа подобного не случилось бы, скорее всего именно на не учтённых расхождениях что-то и дало сбой. Gentoo просто даёт возможность более тонкой и глубокой оптимизации, но всё это на собственный страх и риск, потому что лучшая оптимизация под конкретное железо это в итоге автоматически ухудшение совместимости с другим железом, просто в бинарных дистрибутивах, славящихся своей стабильностью, как раз многие оптимизации не делают, а собирают под усреднённую систему в вакууме, теряя, возможно, в будущем на скорости и потреблении ресурсов.