> Правильно ли я понимаю, что это всё дело на генту происходило, и
> если так и это какой-то нестандартный ebuild. то можете поделиться оверлеем?!

Нет, это не гента, это вот отсюда:
https://svnweb.freebsd.org/ports/head/www/midori/?pathrev=45...

-DUSE_GRANITE:BOOL=OFF
-DUSE_GIR:BOOL=OFF
-DUSE_GTK3:BOOL=OFF
-DUSE_ZEITGEIST:BOOL=OFF
-DHALF_BRO_INCOM_WEBKIT2:BOOL=OFF

Впрочем, вроде бы никаких принципиальных отличий от:
https://gitweb.gentoo.org/repo/gentoo.git/tree/www-client/mi...

local mycmakeargs=(
        -DCMAKE_INSTALL_DOCDIR=/usr/share/doc/${PF}
        -DUSE_APIDOCS="$(usex doc)"
        -DUSE_GRANITE="$(usex granite)"
        -DUSE_ZEITGEIST=OFF
        -DVALA_EXECUTABLE="${VALAC}"
        -DUSE_GTK3=ON
        -DHALF_BRO_INCOM_WEBKIT2=ON
    )

за исключением (не)возможности выбора между GTK3 и GTK2 -- но там буквально пара строчек со сменой опций и зависимостей:

GTK3_LIB_DEPENDS=       libwebkitgtk-3.0.so:www/webkit-gtk3
GTK3_USE=       gnome=gtk30
GTK3_CMAKE_ON=  -DUSE_GTK3:BOOL=ON   -DHALF_BRO_INCOM_WEBKIT2:BOOL=OFF
GTK3_LIB_DEPENDS_OFF=   libwebkitgtk-1.0.so:www/webkit-gtk2
GTK3_USE_OFF=   gnome=gtk20
GTK3_CMAKE_OFF= -DUSE_GTK3:BOOL=OFF