Точно, раз существует модель угроз "атака со стороны предельно квалифицированной спецслужбы с почти неограниченным финансированием лично на меня" с вероятностью (неплохой, но всё же не гарантией) получить доступ к переписке, то давайте опустим лапки и будем считать шифрование фикцией. От такой атаки и сквозное шифрование с примерно той же вероятностью не поможет — давайте и его объявим фикцией и откажемся? Только вот для подавляющего большинства людей это совершенно не актуально, а в первую очередь актуальна модель угроз "потерял/украли ноутбук/смартфон, новый владелец может попытаться получить доступ к конфиденциальным данным" — и в таком случае FDE что на компе, что на телефоне отлично помогает.

В рантайм можно защищаться песочницами/виртуализацией, разграничением/контролем доступа и т.д.

Суть в том, что если функция доступна на телефонах, то нет никакого смысла (с точки зрения безопасности, а именно этим Телеграм оправдывается) не реализовывать её на компе, особенно учитывая добровольность её использования.