Мои слова никак не противоречат документации, много файлов создается в процессе работы системы вне компетенции пакетного менеджера если вы сами создадите файл будет ли его учитывать пакетный менеджер? Наверное нет. А если по аналогии любой из сервисов в процессе своей работы создал файл или несколько, а после обновления создал этот же й файл но по другому пути (например, кеш т.к. например дефолтный путь поменялся, а в конфиге как раз и юзается дефолтное значение)?
Будут ли эти файлы мусорными? Наверное да.
Знает об эти файлах пакетный менеджер? Дефолтно нет.
Может ли он их удалить при обновлении пакета? Только эсли это предусмотренно в pre|post хуках. Всегда ли предусмотренны данные события? На практике, часто нет.
Или, например, до обновления у сервиса был дефолтный лог с одним названием а после название немного изменилось или вообще вместо отдельного файла начали писать в системный лог, а этом случае и старый лог гарантированно останется в виде мусора. Это наиболее частые сценарии. Добавьте к этому бекапы и копии дефолтных конфигов которые часто создаются при апгрейдах и которые тоже не нужны и по сути мусор.
Можно ли не знать что остался мусор? Да, если не проверять.
Может ли система норм работать с мусором? Да.
Можно ли вручную все позачищать? Может быть достаточно трудозатратно найти весь мусор, но да.
Это то что реально встречал именно что на дебиане, когда ранее анализировал этот вопрос. Если не ошибаюсь изучал на примере обновления с 7 на 8 версию. Тогда насетапили новую версию и перенесли проект и остался сервер на котором можно было безопасно сделать dist-upgrade и сравнить результат (diff на вывод команды tree c обоих серверов).
Проводить специально эксперимент что б на скриншотах явно показать это - я не готов, т.к. банально жалко на это время. Если у вас есть желание, то методику тестирования, по которой можно явно проверить - я написал...
А там верить или нет, перепроверять или нет - это уже ваше право.