> Мои слова никак не противоречат документации,

Ваши утверждение про мусор противоречат
> много файлов создается в процессе работы
> системы вне компетенции пакетного менеджера

Много - понятие относительное, но допустим
> если вы сами создадите файл будет
> ли его учитывать пакетный менеджер? Наверное нет.

Действительно нет, только вот файлы созданные в процессе работы пользователями это их файлы, в том числе и временные файлы в пользовательском разделе и если вы относите подобные файлы к мусору, производимому системой, это ваши личные проблемы с классификацией.
> А если по аналогии
> любой из сервисов в процессе своей работы создал файл или несколько,
> а после обновления создал этот же й файл но по другому
> пути (например, кеш т.к. например дефолтный путь поменялся, а в конфиге
> как раз и юзается дефолтное значение)?

У вас некорректная аналогия, фалы системы это файлы системы, файлы пользователя это файлы пользователя.
После обновления ничего по другому пути не будет создаваться, разве что архитектурно что-то поменялось, в нормальных дистрибутивах при обновлениях системой сообщается о подобном, и если админ не дятел, то он прекрасно владеет ситуацией, учитывая такое положение вещей.
> Будут ли эти файлы мусорными? Наверное да.

При обновлении на новую версию и при условии, что файлы уже не нужны - да, это можно считать мусором, который в процессе работы подчищается, только вот никаких кусков пакетов не останется, о не удалённых частях известно из информации системы.
> Знает об эти файлах пакетный менеджер? Дефолтно нет.

Нет, о оставленных логах и временных файлах не знает, это не его обязанность, однако, изначальный посыл был в том, что создаваемый мусор накапливается и из-за этого приходится сносить систему и ставить начисто, вам ответили, что в этом нет необходимости.
> Может ли он их удалить при обновлении пакета? Только эсли это предусмотренно
> в pre|post хуках. Всегда ли предусмотренны данные события? На практике, часто
> нет.

На практике пакеты при удалении удаляются полностью, если вы умеете пользоваться пакетным менеджером, что в систему установилось, то из неё и удалится, в этом, среди прочего, и смысл пакетного менеджера.
> Или, например, до обновления у сервиса был дефолтный лог с одним названием
> а после название немного изменилось или вообще вместо отдельного файла начали
> писать в системный лог, а этом случае и старый лог гарантированно
> останется в виде мусора. Это наиболее частые сценарии. Добавьте к этому
> бекапы и копии дефолтных конфигов которые часто создаются при апгрейдах и
> которые тоже не нужны и по сути мусор.
> Можно ли не знать что остался мусор? Да, если не проверять.
> Может ли система норм работать с мусором? Да.
> Можно ли вручную все позачищать?
>Может быть достаточно трудозатратно найти весь мусор, но да.

Это штатная обязанность администратора системы, подчищать мусор, вы об этом первый раз слышите?
Пути создания логов и временных файлов заранее известны.
Упоминаемые вами файлы имеют известные пути размещения, они не "гуляют" рандомно по системе так, как "им захочется".
>[оверквотинг удален]
> этот вопрос. Если не ошибаюсь изучал на примере обновления с 7
> на 8 версию. Тогда насетапили новую версию и перенесли проект и
> остался сервер на котором можно было безопасно сделать dist-upgrade и сравнить
> результат (diff на вывод команды tree c обоих серверов).
> Проводить специально эксперимент что б на скриншотах явно показать это - я
> не готов, т.к. банально жалко на это время. Если у вас
> есть желание, то методику тестирования, по которой можно явно проверить -
> я написал...
> А там верить или нет, перепроверять или нет - это уже ваше
> право.

Я понял ваш посыл, однако суть была не в этом.
Речь изначально шла о том, что в таких системах, как Дебиан, можно вполне штатно обновляться даже с релиза на релиз без необходимости устанавливать систему с нуля, вы же стали возражать о том, что останется много мусора.
Вам ответили, что мусор не проблема т.к. можно его удалить, пакетный менеджер знает о всех установленных пакетах и он не мусорит в системе, если вы пользуетесь им корректно.
Если новая версия пакета ставится в систему, то она не ставится рядом или куда-то в новое неизвестное место, она заменяет старую, старая вычищается полностью, никаких остатков старого пакета рядом лежать не остаётся, если имеются в виду старые файлы настроек, то об этом администратор в курсе, потому что читает то, что ему выдаёт система при обновлении, он же администратор в конце концов.
В процессе штатного обновления на новые версии сообщается обо всех изменениях, если вдруг новым версиям программ нужна настройка, то выводятся сравнения старого и нового варианта, и даётся несколько вариантов выбора, грамотный администратор учитывает это, и то что не нужно, после процедуры подчищает, система его проинформировала, ему не надо заниматься вангованиями, если в вашей системе так, то у меня для вас плохие новости.
Система всегда сообщает о переменах именно для того, чтобы администратор самостоятельно принял решение, если вы как администратор забиваете на свои прямые обязанности - это ваш личный выбор.
Файлы создаваемые вами в системе - это ваши файлы, вы с ними и разбирайтесь, если вы имеете в виду временные файлы и логи системы, так это известно где лежит, и если вы как администратор этого не знаете, то это ваши проблемы, нечего пенять на систему.

В итоге мы имеем то, что вы, судя по всему, не разобравшись достаточно в системе, не можете адекватно справиться с так называемым мусором и занимаетесь ненужной, с точки зрения грамотного администратора, деятельностью, более того, вместо того чтобы разобраться в системе как следует, следуете вредным, я бы даже сказал - пагубным, привычкам, присущим и широко практикуемым преимущественно пользователями windows,

У меня риторический вопрос: проблемная всё же система, а не ваша компетентность?