> по пунктам опиши

да, тыкать в гугль ты научился, не научился хотя бы примерно понимать найденное.
Ты нашел прекрасную инструкцию как перепаковать _бинарный_ пакет (будут некоторые ньюансы, поскольку она устарела на двадцать лет, но в принципе, control так поправить можно - только незачем, нечего тебе там исправлять - только поломать можешь)

> Например, ~/.local/lib/ffmpeg ~/.local/lib/gimp ~/.bin/pip и т.д.
> Это, кстати, даже меньшая помойка, чем в пакетном менеджере, у которого всё свалено
> в /usr/lib и /usr/bin.

я плакаль. Дальше продолжать не о чем, да и незачем. Назначение пакетных менеджеров и смысл юникс иерархии остались для пациента неоткрытыми.