> ~/.local/lib/*

Еще хорошо бы там сделать запрет на запись для безопасности. Для Firefox я сделал, но меня это не особо парит.

> меньшая помойка, чем в пакетном менеджере, у которого всё свалено

Понятно, что это не просто куча, а у ПМ есть база данных. Просто в данном случае я взял на себя роль пакетного менеджера (чтобы избавиться от бюрократии). В каталогах видно какие программы записаны, версии можно указать в текстовом файле. Видишь ли, я не так много прог собираю и у меня не роллинг, а LTS. Собираю как правило один раз и надолго. Мне мой подход кажется вполне адекватным. Можно, конечно было создать пакеты с over9000 версией (ведь иначе пакетный менеджер может и заменить самосбор). Но там уже могут быть конфликты с системными файлами (сейчас все безопасно локально). Я согласен, что для продакшена это не годится, и делиться ебилдами так тоже не Ъ. Хотя, я вот недавно скачал бинарник FileZilla и там в архиве сборка с каталогами bin lib share. Как у меня. https://filezilla-project.org/download.php?show_all=1
Еще как-то попался rpm старого RealPlayer (проприетарщина, как ты любишь). Там вообще файлы в /usr/local собирались ставится. Просто проприетарщики собрали локально (не указали --prefix=/usr) и опакетили. Но, если честно, я такое первый раз вижу в продакшене.