>> Налоговая провела проверку и решила, что все ИП — сотрудники. У каждого были рабочие места в офисе, они работали по распорядку дня, выполняли указания по должностной инструкции, а с другими

заказчиками не работали.

Не нужно подпадать под признаки ТО, тогда не будет и проблем.
Неудивительно, что при таком палеве их наказали.

-----
Чтобы доказать трудовые отношения между компанией и ИП, налоговая опиралась на такие признаки:

ИП работали по графику с 9:00 до 18:00 по будням, у них был перерыв на обед. Налоговая выяснила это при допросах представителя компании и предпринимателей;
у предпринимателей были должности — бухгалтер, кассир, менеджер-логист. А в договоре работодатель указал их специальности и профессии;
для ИП оборудовали рабочие места в компании, купили офисную технику, компьютерные программы, весы для металла, пресс;
в договоре у ИП была прописана материальная ответственность за имущество компании;
предприниматели работали только с этой компанией, а с другими заказчиками — нет;
отчетность по упрощенке за ИП сдавал директор по доверенности;
сотрудники оформили ИП по инициативе директора, иначе директор отказывался с ними работать.
В этом деле компания явно работала с сотрудниками, но маскировала их договорами с ИП.