Да всё есть на багтрекере давно. Фишка в том, что некоторые вещи отказываются чинить (вроде по идеологическим причинам, но самом деле архитектура немного деревянная и дефективная вышла), из-за чего приходится подпирать нездоровыми костылями. Больше всего проблем с муксерами/демуксерами форматов и трансляцией цветовых пространств было, там косяк на косяке. Ну и примитивные вещи вроде замапить метаданные с диска не может, их надо генерировать вручную (в формате ffmpeg) и применять из файла. То, что нормально не поддерживаются даже ни m4a ни adts (ни экпортировать адекватно не может, ни сообщить информацию о полностью корректном файле) можно не вспоминать.

Впрочем, проще в использовании и удобнее всё равно ничего нет, так что приходится смириться с тем, что везде, где побывал ffmpeg, будет какая-то лажа.