Зачем вам постоянно видеть док если он дажеко не постоянно нужен, а только иногда, когда надо запустить приложения? Док в GNOME не нужен даже для переключения между окнами. При том постоянно видимый док постоянно занимает место на экране, которое лечше использовать для чего-либо более полезного. Вместо трея есть шторка, вызываемая при нажатии на часы. Для полупрозрачности установите расширение "Blur-my-shell". В GNOME нет трёх кнопок управления окнами, как в вашей любимой Венде, потому что при такой концепции рабочего стола нет необходимости сворачивать окна. Разворот окон на весь экран происходит перетаскиванием окна в верхний край, а уменьшение - оттаскиванием от верхнего края, либо двойным нажатием на заголовок окна. Но если вас так хочется сделать из GNOME Венду, то установите себе приложение GNOME Tweaks, в котором эти три кнопки таки можно включить.