>>в /usr/local собранное _локальным_ администратором, в /usr -- установленное системно
>>при помощи средств управления ПО.
>Ничего не понял.

Человеку на пальцах объяснил семантику /usr{,/local} _в линуксе_.  Наверное, стоило ещё добавить, что нет разделения на "базовую систему" и "софт второго класса" -- всё, установленное из пакетов дистрибутива, относится к дистрибутиву.  Подход другой.

>pkg_add, make install, portupgrade считаются системными средствами управления ПО?

Первое и последнее -- да, второе -- смотря где делать.  Подразумевалось же в /usr/ports? :)

>>Как во фре предлагаете различать собранное из портов и руками из тарбола,
>>который в портах отсутствует?  В /opt ставить? ;-)
>Нормально прописывать префикс при configure. 70% патчей в портах этим и занимается.
>Можно и в порт завернуть.

Эт понятно, но предложение подумать было не к Вам :) (хотя...)