> 1) Transmission, которая умеет все протоколы, но не умеет очереди

Ну ладно, черт с ними с очередями, хотя если это прямо позарез надо - можно скриптик сделать который через командлайн порулит как там кому надо, хоть это и лишняя возня, да.  

> и не умеет не ставить колом десктоп при проверке закачек.

... но вот это - по-моему не проблема трансмиссии. Тормозить в ней может полная преаллокация файлов на некоторых ФС и перемещение файлов с темпа на одном диске в окончательную локацию на другом диске. Еще при очень быстром интернете на очень слабых дисках (например ноутбучный диск, особенно по юсб) может несколько тупить UI при скачке. Потому что это не делается в отдельном треде, ну вот и получается ожидание завершения операции до того как отреагировать. Лечится довольно очевидно: все дисковые операции должен делать отдельный тред, тогда клинить будет только его а остальным будет пофигу. Такие планы у авторов есть, но это достаточно большие изменения, а тех кого оно сильно напрягает - не так уж и много. Так что это когда-то будет, но не быстро. Если тебе надо срочно - ну пришли патч, тебе все спасибо скажут :)

А вот то что ты описал...
1) Проверка хэшей закачки все-таки делается в фоне, если я не глючу. Может конечно у тебя настолько хилые диски/дурная конфигурация, что трансмиссия умудряется их при этом прогрузить по полной? (хэши считаются довольно резво, хилым дискам - хватит). Ну и вообще все записи/чтения начинают жутко тормозить и любые дисковые операции надолго застревают ожидая пока винч данные считает/запишет? Но это уже из разряда ССЗБ.
  
2) В любом случае, тормозить имеет право только сама программа. Что за нафиг - "клинит десктоп"?! Это по твоему нормально? У тебя система - не Win 3.1 с кооперативной многозадачностью, а? Где пока прога не отдаст проц - остальные клюют?!

Похоже лечить надо скорее систему/ФС/диски :). Скорее всего у тебя хилая дисковая подсистема (у ноутбячных винчей например seek очень медленный, да и скорость чтения не чемпионская отнюдь). Да еще поди ума хватило поставить систему на те же физические диски которые нагружаются торентом, а? :)

Хорошая конфигурация - это когда у системы есть отдельный физический девайс, а торенты и прочие жирные даунлоады и вообще активные файловые операции - живут на отдельном винче (винчах, массивах, что там кому надо). Чтобы когда системе что-то потребуется от винча, он заведомо был целиком в ее распоряжении. Можно конечно на шедулеры уповать, но шедулить механический диск, который врет о своей геометрии - это примерно как искать черную кошку в темной комнате. Потому что точно никогда не известно насколько именно он там от конкретной операции призадумается.

> 2) Deluge, которая умеет очереди закачек, но слишком зависима от питоновского окружения-

Ну вот лично я юзаю T в уйме мест. В половине из коих никакого питона вообще нет, и нафиг он там не нужен. Вообще, для демона чем меньше - тем лучше :)