Во-первых, правительство ничего не проверяет. Проверяют испытательные лаборатории, которые по большей части частные конторы. После чего материалы испытаний проверяются в органе по сертификации, которые тоже в большинстве своем частные конторы. Во ФСТЭК только изготавливают (распечатывают и подписывают) сертификат, и только после получения положительных заключений от лаборатории и органа и ознакомления с ними.

Во-вторых, по требованиям РД проверке подлежат только средства защиты, а не вся ось. А это гораздо меньший объем работ, чем Вы себе представили. Хотя и тоже не маленький, но это, как говорится, уже нюансы.

В-третьих, по поводу "Скорее было так - взяли ось...". ФСТЭК ничего не берет. Процедуру сертификации инициирует заявитель (не ФСТЭК), кем в представленном Вами случае является компания Alt Linux.

В-четвертых, по поводу "...получат премию...". Заявитель не платит ФСТЭК. Оплачиваются работы лабораторий и органов. А ФСТЭК - бюджетная организация и с ним договоров никаких не заключается. И как у любых бюджетников годовую премию не получают только те, кого ее лишили, т.к. премиальный фонд (а он у бюджетников фиксированный) формируется раз в году и на весь год.

В-пятых, верить или не верить в процедуру сертификации это дело каждого (есть люди и организации, которые добросовестно выполняют свои обязанности, в том числе и по данному вопросу. Не все так плохо в Датском королевстве). Но, как уже написали выше, без этой бумажки, в случае обработки некоторых категорий информации, можно получить очень неприятные вещи на свою голову.