Дело вот в чем было. Если удалить в корзину симлинк на каталог, то во время опустошения корзины прибивалися каталог, на который указывал симлинк. Вайн создает симлинк ~/.wine/dos_devices/z: на корневой каталог. Соответственно, если удалить его, то можно прибить всю файловую систему.