По умолчанию запись на диски в FreeBSD производится в синхронном режиме,
значительно увеличить скорость записи
 можно активировав асинхронный режим: В /etc/fstab в поле Options добавить async (например rw,async).
Или для примонтированного раздела: mount -u -o async /home
Для увеличения производительности IDE дисков, в файле конфигурации ядра можно
указать для wdc устройств
flags 0xa0ffa0ff или 0x80ff80ff (подробнее man wd, man ad).
Для ad: sysctl hw.atamodes; sysctl hw.ata
Например: sysctl hw.atamodes=pio,pio,---,dma,pio,---,dma,---,
См. также man atacontrol 
Третий вариант - активировать в настройках ядра SOFTUPDATES и запустить 
tunefs -n enable /usr в single-user на размонтированном разделе.