Чтобы принудительно переместить все пользовательские файлы конфигурации из
корня домашней директории в отдельный каталог (допустим ~/.config) можно
воспользоваться библиотекой libetc (http://ordiluc.net/fs/libetc/). libetc
подгружается к приложениям через механизм LD_PRELOAD, подменяя собой некоторые
библиотечные вызовы и самостоятельно обрабатывая ситуацию открытия файлов и
директорий, начинающихся с точки. Базовый путь берется из переменной окружения
$XDG_CONFIG_HOME, определенной для этих целей в стандарте http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/

Пример использования, в ~/.bashrc, ~/.zshrc или ~/.xsession добавляем:

   # загружаем библиотеку
   export LD_PRELOAD=libetc.so.0 
   # список игнорирования
   export LIBETC_BLACKLIST=/bin/ls:/bin/mv:/bin/cp:/bin/ln:/usr/bin/find:/bin/rm 
   # Перемещаем файлы конфигурации в директорию /home/luc/config
   export XDG_CONFIG_HOME=/home/luc/config

Если явно не определена переменная окружения XDG_CONFIG_HOME, в качестве
базового пути будет использована директория ~/.config/

Работа libetc проверена в таких программах, как OpenOffice.org, KDE, Gnome,
Firefox, Mutt, vim, Thunderbird, Sylpheed, Gimp.