Для разбора и кодирования Data Matrix-кодов (оформленный в виде квадрата
матричный код, состоящий из прямоугольных областей и способный содержать в себе
несколько килобайт данных) в Linux удобно использовать пакет libdmtx-utils.

Устанавливаем  в Debian/Ubuntu:

   sudo apt-get install libdmtx-utils

в Fedora:

   sudo yum install libdmtx-utils


Кодируем текст из файла test.txt и сохраняем его в изображение test.png:

   dmtxwrite  -o test.png test.txt

для управления выводом можно использовать опции:
   "-d N" - задаёт размер модуля в пикселях;
   "-s NxM" - задает размер кодирующих прямоугольников, например, "-s 10x10"
   "-m N" - задаёт отступы от границ изображения в пикселях;
   "-e тип" - задаёт тип кодирования данных:
       b = оптимизация, ориентированная на качество;
       f = оптимизация, ориентированная на скорость;
       a = ASCII (по умолчанию)
       c = C40 (цифры и символы верхнего регистра)
       t = Text (цифры и символы нижнего регистра)
       x = X12  ANSI X12 EDI
       e = EDIFACT (ASCII символы с кодами 32-94)
       8 = Base 256 (все восьмибитные символы)

   "-f формат" - задаёт формат изображения для сохранения (список поддерживаемых форматов можно посмотреть через опцию "-l")

Декодируем содержимое Data Matrix-кода, содержащегося в изображении test.png:

   dmtxread test.png



Другие варианты.

Система zbar (http://sourceforge.net/projects/zbar/) позволяет декодировать не
только QR-коды, но и штрих коды других типов.

Устанавливаем ZBar в Debian/Ubuntu:

   sudo apt-get install zbar-tools

в Fedora:

   sudo yum install zbar-tools

Декодируем содержимое штрих-кода, содержащегося в изображении test.jpg:

   zbarimg test.jpg


Еще один вариант декодирования QR-кодов -  использование программы
libdecodeqr-simpletest из пакета libdecodeqr-examples:

   libdecodeqr-simpletest test.jpg



Для кодирования QR-кодов в Linux можно использовать утилиту qrencode (http://fukuchi.org/works/qrencode/index.en.html):

   sudo apt-get install qrencode
или
   sudo yum install qrencode

Кодируем текст из файла test.txt и сохраняем его в изображение test.png:

    qrencode -r test.txt -o test.png

Другие системы кодирования и декодирования QR-кодов:
* pyqrcode
* libqr
* qrcode
* decodecamera
* ZXing Decoder Online