Утилита notify-send, входящая в состав пакета libnotify-bin, позволяет
отправить через D-BUS уведомление,
которое будет отражено в GNOME в виде всплывающего окошка.

Пример:
   notify-send -c info -t 1800000 "заголовок окна" "текст внутри окна"

где, "-t 1800000" - таймаут висения окна в милисекундах.
"-c info" - категория оповещения, список можно найти здесь:
   http://www.galago-project.org/specs/notification/0.9/x211.html

В тексте можно использовать тэги: <b>жирный шрифт</b>, <i>наклонный</i>, <u>с подчеркиванием</u>,
<a href="...">ссылки</a>, <img src="..." alt="...">картинки, размером до 200x100</img>.

Интересные возможности по управлению оконным менеджером из командной строки
предоставляет утилита wmctrl:
Получить список открытых окон:
   wmctrl -l

Получить список открытых окон с отображением PID-процесса и инфрмацией о размере окна:
   wmctrl -p -G -l

Сделать активным окно в названии которого есть слово licq:
   wmctrl -a licq

Свернуть окно в названии которого есть слово 'mozilla':
   wmctrl -r mozilla -b add,hidden

Закрыть окно по его имени:
   wmctrl -F -c 'Debian bug tracking system - Mozilla'

Изменить заголовок окна для окна выбранного курсором мыши:
   wmctrl -r :SELECT: -T "Selected Window"

Развернуть окно со словом video в заголовке на полный экран:
   wmctrl -r "video" -b toggle,fullscreen

Посмотреть какое окно является активным:
   xprop -root | grep "_NET_ACTIVE_WINDOW(WINDOW)"

Посмотреть подробную информацию об активном окне:
   xwininfo -id 0x4a00021
где, 0x4a00021 идентификатор окна.