Вариант 1. GUI интерфейс.

Загружаем с сайта http://www.gmail-backup.com/download программу gmail-backup.

Убедимся, что в системе установлен Python 2.5, библиотеки wxWidgets и модуль wxPython 
(в Debian/Ubuntu пакеты python2.5 python-wxversion).

Активируем "Включить IMAP" в настройках Gmail доступ через IMAP
(Settings / Forwarding and POP/IMAP или Настройки / Пересылка и POP/IMAP).

Для начала резервного копирования запускаем GUI интерфейс и вводим необходимые параметры аккаунта:

   ./gmail-backup-gui.sh

Автоматизировать загрузку резервных копий можно через поставляемый в комплекте
с gmail-backup скрипт:

   ./gmail-backup.sh backup имя_папки user@gmail.com пароль

Для выборочного бэкапа нужно использовать:

   ./gmail-backup.sh backup dir user@gmail.com password 20070621 20080101

Для восстановления данных:

   ./gmail-backup.sh restore dir user@gmail.com password

Для копирования только новых данных, накопившихся с момента прошлого бэкапа:

   ./gmail-backup.sh backup dir user@gmail.com password --stamp

Как видно у скрипта имеется существенная проблема - необходимость указания
пароля прямо в командной строке,
что с точки зрения безопасности неприемлимо. Исправить ситуацию не получается,
пакет распространяется только в бинарном виде.

Вариант 2. Использование пакета getmail:

Ставим getmail (http://pyropus.ca/software/getmail/):

   sudo apt-get install getmail4

Создаем 2 директории: .getmail для хранения настроек и директорию gmail-archive
для хранения бэкапа.
   
   mkdir ~/.getmail
   mkdir ~/gmail-backup

Создаем файл конфигурации ~/.getmail/getmail.gmail:

    [retriever]
    type = SimpleIMAPSSLRetriever
    server = imap.gmail.com
    username = user@gmail.com
    password = password

    [destination]
    type = Maildir
    path = ~/gmail-backup/ 
    
    # Если вместо maildir нужно использовать формат mbox:
    # type = Mboxrd
    # path = ~/gmail-backup/gmail.mbox

    [options]
    verbose = 2
    message_log = ~/.getmail/gmail.log 

Запускаем копирование писем:

   getmail -r ~/.getmail/getmail.gmail