При загрузке ядра LILO запоминает данные о назначении номеров BIOS для
дисков, и потом при установке 
загрузчика использует эти данные.  При смене устройства для загрузки в
настройках BIOS номера дисков
меняются (выбранный для загрузки диск получает номер 0x80), поэтому сохранённая lilo информация 
перестаёт соответствовать реальной конфигурации.

Нужно явно указать номера дисков в /etc/lilo.conf:

disk=/dev/hda
	bios=0x80
disk=/dev/hdb
	bios=0x81