Это не тонкости программирования, а проблема корректности обработки данных. Кроме этого нужно знать как численно считать на машинах: модели приближения, устойчивость схем, сходимость моделей, проблемы переполнений, базовые знания стат. анализ и многое другое.

Сортировка это мелочь по сравнению со всем остальным багажом инженера. Само по себе полагание на ФС уже выглядит дико, вменяемый специалист подготовил бы заранее упорядоченный словарь с порядком в специальном файлике с метаданными, или сделал бы легко проверяемый алгоритм вычисления порядка, раз это важно для результата. В конце концов есть простое правило: не понимаешь как работает чёрный ящик и не хочешь понимать - сделай свой аналог.

В современном мире специалисты без владения инструментарием не нужны. Даже не очень нужны специалисты со знанием только одной предметной области.