А теперь ответы на дебиане как у меня сейчас:

> 1. и 2. Будет нетронутая текущая система, нетронутая предыдущая и недособранная новая. Спокойно грузитесь в текущую, запускаете обновление ещё раз, оно дособирается, все хорошо.

Спокойно гружусь в текущую и доделываю то что оборвалось или запусаю с "чистого листа".

> 3. Просто грузитесь не в текущую, а в предыдущую систему. Если хотите, выполняете rpm-ostree rollback, это поменяет местами пункты в загрузчике.

Так я по умолчанию всегда в текущую рабочую систему только если на выбрал в другую или не настроил для загрузку в новую. У вас точно не так, т.к. это мое решение.

> Можете не выполнять, так или иначе после обновления всегда есть хорошая текущая->предыдущая и новая->текущая системы. Если новая не грузится, всегда есть предыдущая.

Так у меня автоматом есть всегда рабочая стабильная система.

> 4. Когда все приложения установлены через Flatpak, этой проблемы принципиально не существует.
> Спрашивается, и чем ваш подход лучше этого? :)

Тем что во первых мое решение проверено и отлажено за годы. Мое решение гибкое и легко позволяет развернуть, настроить и пересобрать нужные части и снова свернуть автоматом потребляя при этом минимум памяти (дисковой). В итоге я имею в любой момент времени любой набор разных версии библиотек. Это очень удобное и гибкое решение. Я никогда не работал с flatpak так как на северах блобы считаю недопустимыми. Я как админ всегда должен знать где и чего, как и когда у меня в системе.