Эээ фокс тоже не зависит от среды ;) Он рисует ВСЕ в окне своими средствами - менюшки, окна опций, и т.д., просто нынче очень хорошо притворяется, анализируя тему GTK и рисуя почти так же (но почти - сложные темы ему по прежнему не по зубам, впрочем они вышли из моды). Шрифты тоже может брать как системные, так и через fontconfig (проверьте ключики configure). С точки зрения тулкита, из которого он берет виджеты сейчас действительно рекомендуется использовать GTK2, но фокс собирался и с GTK1, и с Motif, да и с Qt обещают возможность. Так что ставить это как недостаток перед оперой по меньшей мере некорректно.

Хотя лично меня, наоборот, раздражает то, что интерфейс фокса недостаточно нативный в GTK, как и то, что опера была недостаточно нативна в Qt. Но тут уж ничего не поделаешь, видимо.

Пол-системы - ну так это обратная сторона интеграции! Фокс можно собрать и иначе. Просто обычно это никому не нужно, удобнее, наоборот, хорошо встроенная в систему версия.

А негибкость оперы проявляется, например, в том, насколько позже 64-х битная опера появилась и стала юзабельной, по сравнению с фоксом, который был 64-х битным в 64-х битных дистрибутивах уже несколько лет до этого.

Или, например, в отсутствии нормальной поддержки соляриса, даже x86. Про sparc я даже не говорю. А мозилла всегда поддерживала.
И как быть тем, кому нужно запустить браузер, скажем, под openbsd? Опера опять идет лесом. Таки да, "плохой и негибкий". Да и вообще, называть "гибким" браузер, в котором более-менее полноценные расширения (а не userjs) появились только несколько месяцев назад, лет на 9 позже фокса, знаете ли...